Protection et déclin de l’immunité naturelle et hybride contre le SRAS-CoV-2

Population étudiée

Notre analyse, qui était basée sur les données de la base de données nationale du ministère israélien de la Santé, s’est concentrée sur les infections qui ont été confirmées pendant la période d’étude, du 1er août au 30 septembre 2021. Pendant cette période, Israël était au milieu d’un quatrième vague pandémique dominée par la variante B.1.617.2 (delta).17 Israël avait déjà mené une campagne offrant deux doses du vaccin BNT162b2 et avait lancé une campagne offrant des troisième et quatrième doses de rappel (voir la section Méthodes supplémentaires 1 dans l’annexe supplémentaire, disponible avec le texte intégral de cet article sur NEJM.org). De plus, à partir de mars 2021, les personnes non vaccinées qui s’étaient remises de la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) au moins 3 mois auparavant étaient éligibles pour recevoir une dose unique de vaccin BNT162b2.

Dans cette étude, la réinfection par le SRAS-CoV-2 a été définie comme un test positif de réaction en chaîne par polymérase (PCR) chez une personne qui avait eu un test positif d’un échantillon obtenu au moins 90 jours avant le jour de l’étude.18 La définition du Covid-19 sévère était conforme à celle des National Institutes of Health19 — c’est-à-dire une fréquence respiratoire au repos supérieure à 30 respirations par minute, une saturation en oxygène inférieure à 94 % pendant que la personne respirait l’air ambiant ou un rapport de la pression partielle d’oxygène artériel à la fraction d’oxygène inspiré inférieur à 300 La base de données du ministère israélien de la Santé comprend, pour tous les résidents qui ont reçu un vaccin contre le Covid-19, ont été testés pour le Covid-19 ou ont été précédemment infectés par le SRAS-CoV-2, des informations démographiques de base telles que le sexe, l’âge, le lieu de résidence , et le secteur de la population, ainsi que les registres complets des vaccinations et des infections confirmées.

Population étudiée.

Les personnes éligibles à l’étude n’avaient pas de test de réaction en chaîne par polymérase positif documenté entre le 1er juillet et le 30 juillet 2021, avaient reçu au plus une dose de vaccin avant la guérison ou après la guérison de la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19), et avaient n’ont pas reçu de vaccin Covid-19 autre que BNT162b2 avant le 1er août 2021. Les groupes d’âge au 1er janvier 2021 sont indiqués. Le SRAS-CoV-2 désigne le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère.

En utilisant ces données au niveau des résidents individuels, nous avons étudié les infections confirmées chez les personnes de 16 ans ou plus qui avaient été testées positives pour l’infection par le SRAS-CoV-2 avant le 1er juillet 2021 ou qui avaient reçu au moins deux doses de vaccin BNT162b2 à au moins 7 jours avant la fin de la période d’études. Nous avons exclu de l’analyse les personnes suivantes : celles dont les données ne comprenaient pas d’informations sur l’âge ou le sexe ; ceux qui avaient été testés positifs pour le SRAS-CoV-2 entre le 1er juillet et le 31 juillet 2021 ; ceux qui s’étaient remis d’une infection par le SRAS-CoV-2 confirmée par PCR et avaient ensuite reçu plus d’une dose de vaccin BNT162b2 (un petit groupe avec des données de suivi limitées) ; ceux qui avaient reçu plus d’une dose de vaccin BNT162b2 puis se sont rétablis d’une infection par le SRAS-CoV-2 confirmée par PCR (un petit groupe) ; ceux qui ont passé toute la période d’études à l’étranger; et ceux qui avaient reçu un autre vaccin que le BNT162b2 avant le 1er août 2021 (Figure 1).

Conception et supervision de l’étude

Nous avons comparé les incidences d’infection confirmée au cours de la période d’étude parmi des cohortes de personnes ayant divers antécédents d’événements conférant l’immunité (c.-à-d. infection ou vaccination). La cohorte récupérée et non vaccinée impliquait des personnes qui avaient eu une infection confirmée 90 jours ou plus avant le jour de l’étude. Il y avait deux cohortes « hybrides » (c’est-à-dire des cohortes avec des participants qui avaient à la fois une immunité naturelle et une immunité de la vaccination) ; la cohorte récupérée à une dose était composée de personnes qui s’étaient remises de Covid-19 et avaient ensuite reçu une seule dose de vaccin au moins 7 jours avant le jour de l’étude, et la cohorte à une dose récupérée impliquait ceux qui avaient reçu une seule dose dose de vaccin, suivie d’une infection confirmée au moins 90 jours avant le jour de l’étude. La cohorte à deux doses était composée de personnes qui n’avaient pas été infectées avant le début de l’étude et qui avaient reçu la deuxième dose de vaccin au moins 7 jours avant le jour de l’étude, et la cohorte à trois doses était composée de ceux qui avaient n’ayant pas été infecté avant le début de l’étude et ayant reçu la troisième dose (rappel) de vaccin au moins 12 jours avant le jour de l’étude.

Ces cohortes ont été divisées en sous-cohortes en fonction du temps écoulé depuis le dernier événement conférant l’immunité. Nous avons utilisé 2 mois comme intervalle de temps de base pour définir les sous-cohortes, mais nous avons combiné 12 à 18 mois pour la cohorte récupérée non vaccinée et omis la période de 8 à moins de 10 mois pour les cohortes vaccinées et hybrides en raison du petit nombre de personnes de ces cohortes.

Une personne pourrait contribuer des journées de suivi à différentes sous-cohortes et pourrait également passer d’une cohorte à une autre selon les règles suivantes. Une personne qui avait récupéré de Covid-19 et qui a reçu une première dose de vaccin BNT162b2 pendant la période d’étude a quitté la cohorte récupérée et non vaccinée le jour de la vaccination et est entrée dans la cohorte récupérée à une dose 7 jours plus tard. Une personne qui s’était rétablie du Covid-19 et qui avait reçu une première dose de vaccin mais qui avait ensuite reçu une deuxième dose pendant la période d’étude a quitté la cohorte à une dose récupérée au moment de la deuxième vaccination. Une personne de la cohorte à deux doses qui a reçu une troisième dose (de rappel) au cours de la période d’étude a quitté la cohorte à deux doses le jour de la dose de rappel et est entrée dans la cohorte à trois doses 12 jours plus tard.vingt Une personne avec un test positif pour l’infection par le SRAS-CoV-2 entre le 1er mai et le 30 juin 2021 et qui a également reçu une dose unique de vaccin BNT162b2 est entrée soit dans la cohorte récupérée à une dose, soit dans la cohorte récupérée à une dose ( selon que l’infection confirmée est antérieure ou non à la vaccination) 90 jours après le test positif. Une personne ayant reçu un vaccin autre que le BNT162b2 a quitté l’étude le jour de cette vaccination.

Les études comparent souvent les taux d’infection chez les personnes guéries ou vaccinées avec ceux chez les personnes non vaccinées qui n’ont pas été infectées auparavant. Cependant, en raison du taux de vaccination élevé en Israël, cette dernière cohorte est petite et non représentative de la population globale. En outre, la base de données du ministère israélien de la Santé ne contient pas d’informations complètes sur ces personnes. Par conséquent, nous n’avons pas inclus les personnes non vaccinées et précédemment non infectées dans notre analyse.

L’étude a été approuvée par le comité d’examen institutionnel du Sheba Medical Center. Le ministère israélien de la Santé et Pfizer ont un accord de partage de données, mais seuls les résultats finaux de cette étude ont été partagés.

Analyses statistiques

Pour analyser les données, nous avons utilisé des méthodes similaires à celles utilisées dans nos études précédentes.8,20,21 Nous avons supposé que le risque d’infection dans chaque cohorte serait indépendant du temps de séjour dans les cohortes précédentes (c’est-à-dire le temps passé dans la cohorte avant une infection confirmée), et nous nous sommes concentrés sur la relation entre le modèle de survie à risques proportionnels et le Modèle de régression de Poisson22 (voir la section Méthodes supplémentaires 2). Plus précisément, le nombre d’infections confirmées et le nombre de jours-personnes à risque pendant la période d’étude ont été comptés pour chaque sous-cohorte.

Un modèle de régression de Poisson a été ajusté, avec ajustement pour le groupe d’âge au 1er janvier 2021 (16 à 39 ans, 40 à 59 ans ou ≥ 60 ans), le sexe, le secteur de la population (juif général, arabe ou juif ultra-orthodoxe). ), la semaine calendaire et une mesure du risque d’exposition. Ce dernier a été calculé pour chaque personne à chaque jour de suivi en fonction du taux de nouvelles infections confirmées au cours des 7 jours précédents dans la zone de résidence de la personne ; cette mesure continue a ensuite été catégorisée en 10 groupes de risque selon les déciles.vingt Un risque d’exposition moyen a été imputé aux personnes pour lesquelles il manquait des données sur la résidence. Afin de s’assurer que l’effet des données manquantes était faible, une comparaison descriptive des personnes qui avaient des données manquantes avec celles qui n’avaient pas de données manquantes, ainsi qu’une analyse d’imputation multiple, ont été effectuées (voir la section Analyse supplémentaire 1) . La qualité de l’ajustement du modèle a été vérifiée en examinant les résidus de Pearson dans les catégories.

Dans une analyse complémentaire, nous avons ajusté un modèle avec une interaction entre le groupe d’âge et la sous-cohorte afin d’estimer les taux d’incidence par âge dans chaque sous-cohorte. Chaque cas d’infection a contribué à un événement dans la sous-cohorte respective. Sur la base des paramètres estimés du modèle de régression ajusté, le taux d’incidence dans chaque sous-cohorte, ajusté pour les facteurs de confusion, a été estimé comme le nombre attendu d’événements par 100 000 jours si tous les jours-personnes à risque étaient inclus dans cette sous-cohorte ( voir la section Méthodes supplémentaires 3). Les intervalles de confiance à 95 % ont été calculés à l’aide d’une approche de simulation de type bootstrap23 sans ajustement pour la multiplicité. Nous avons répété l’analyse des sous-cohortes avec des intervalles de 1 mois (au lieu de 2 mois) pour mieux distinguer les personnes qui ont choisi de se faire vacciner plus tôt et celles qui ont choisi de se faire vacciner plus tard (ou entre celles qui ont été infectées plus tôt et celles qui l’ont été). infecté plus tard).

Pour examiner l’effet d’une mauvaise classification des personnes dans des cohortes en raison d’infections non documentées, nous avons effectué une analyse de sensibilité en supposant que 50 % ou 70 % des véritables infections étaient non documentées. Il y avait trop peu de cas pour une comparaison approfondie des incidences de la maladie grave au sein et entre les cohortes à immunité naturelle et celles à immunité hybride ; ainsi, seule une analyse descriptive a été effectuée. Les résultats d’une comparaison des incidences de Covid-19 sévère entre les personnes ayant reçu deux doses de vaccin BNT162b2 et celles ayant reçu une troisième dose (de rappel) sont rapportés ailleurs.vingt-et-un

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